Selon la façon dont on l’aborde, la nature peut être notre alliée comme notre ennemie. L’Agriculture paysanne considère qu’il faut la préserver tout en travaillant avec elle. En effet, elle appelle à la fois à la préservation des biens communs (biodiversité, eau, sol, paysage) et à la pérennisation de l’outil de travail du.de la paysan.ne. Il est alors nécessaire de concilier productivité agricole et gestion durable des espaces non cultivés. C’est un équilibre fragile à trouver entre ces deux composantes, qui peuvent parfois être en confrontation. L’impact de l’activité agricole sur son environnement, qu’il soit positif ou négatif, n’est pas à exclure. C’est pourquoi il est également indispensable de tenir compte de la gestion des risques : pollution, émissions de GES. L’espace agricole n’est jamais totalement déconnecté du reste des espèces vivantes et bien que celles-ci peuvent générer concurrence, prédation et parasitisme, elles ont aussi beaucoup d’avantages et présentent de nombreux intérêts agronomiques : recyclage de la matière organique, régulation démographique des ravageurs, régulation hydrique… Les espaces naturels ne sont pas sans intérêt productif pour les paysans et les citoyens, bien qu’ils soient souvent considérés comme tels.
Il est donc tout à fait possible de combiner productivité agricole et gestion durable du milieu naturel : la baisse apparente en productivité brute est compensée par des avantages sur différents postes, par exemple une baisse de consommation d‘intrants et une diminution de la pression parasitaire.